“Especializado em arqueologia pré-histórica, o Museu contém peças com, aproximadamente, 8 mil anos. Entre elas, destacam-se esqueletos retirados das centenas de sítios arqueológicos descobertos pelo Padre Rohr na Ilha de Santa Catarina e interior do Estado catarinense”(http://www.pmf.sc.gov.br/entidades/turismo/?cms=museu+do+homem+do+sambaqui).  Foram também descobertas, urnas funerárias, sepultamentos indígenas, artefatos indígenas líticos e fragmentos cerâmicos.

Além desses itens, o Museu abriga uma ala de zoologia, arte sacra, numismática (moedas e células), fósseis, utensílios indígenas e outros materiais.