No ano de 1959, a sociedade de Florianópolis expressava em suas ações uma necessidade de melhorias na cidade, pois aos poucos o crescimento e a modernização das áreas urbanas começaram a influenciar e ampliar todos os setores principalmente os de ensino. Várias obras estavam auxiliando o crescimento sócioeconômico e político do município e, nesta época, surgem instituições educacionais, sócioculturais e assistenciais, entre elas o Educandário “Imaculada Conceição”.
          Em um breve enfoque, devemos iniciar a trajetória histórica desta instituição a partir do dia 15 de junho de 1942, onde Madre Paulina do Coração Agonizante de Jesus, seriamente enferma, abençoa as quatro Irmãs: Irmã Querubina do Divino Amor, Irmã Vicência Loiola do Coração Agonizante de Jesus, Irmã Maria Zélia do Sagrado Coração de Jesus, e Irmã Joana de Nossa Senhora das Dores, da (CIIC) Congregação das Irmãzinhas da Imaculada Conceição, que iriam para Florianópolis e tinham como missão iniciar uma nova comunidade religiosa. No dia 02 de julho as Irmãs chegaram onde seria sua casa. No dia 09 de julho morre Madre Paulina. Esta foi à última obra abençoada, por ela, em vida.
          Observando a capacidade destas Irmãs em trabalhar com as crianças na catequese e em outras funções comunitárias na catedral e sentido necessidade de outra escola católica aqui no centro de Florianópolis, as famílias que moravam próximas a Rua Esteves Júnior, 121, pediram para as Irmãzinhas que iniciassem o trabalho educacional com as crianças que frequentavam a catequese. Assim, a Congregação das Irmãzinhas da Imaculada Conceição optou por construir uma escola que seria chamada de Educandário “Imaculada Conceição”.
          A Fundação oficial do Educandário “Imaculada Conceição” foi em 15 de fevereiro de 1959, com apenas duas turmas de crianças de jardim de infância. Eram famílias que residiam próximas à casa das Irmãs. No início de suas atividades, teve Irmã Maria Cristofolini como fundadora e professora, e ganhou um apelido carinhoso pela comunidade de “Coleginho”. 
          O jardim de infância iniciou com trinta e dois educandos de pré e trinta e oito de primeira série, na residência das próprias Irmãzinhas, as quais adaptaram salas para possibilitar um melhor ambiente para as crianças. A antiga construção tinha traços típicos açorianos, porém não era tão antiga como os outros casarios da Rua Esteves Júnior.
          As crianças que se matricularam no primeiro ano de atividades, retornaram no próximo, comprovando o sucesso do trabalho das Irmãzinhas.
          A escola foi logo conquistando a simpatia dos florianopolitanos e das autoridades da época, pois apresentava ideais religiosos e acreditava que cada educando era detentor de sua individualidade, onde eram capazes de avaliar sua realidade e construí-la da melhor forma possível.

          Em 1960, começam os estudos para ampliação das áreas a serem construídas.
          Em março de 1961, Irmã Maria Célia Archer, Superiora da Comunidade Religiosa das Irmãzinhas, começa a angariar fundos para a futura construção do prédio do ginásio “Imaculada Conceição”.
          No dia oito de junho de 1963, Irmã Dorotéia veio a Florianópolis para auxiliar na montagem do processo e regimento interno do curso ginasial. O curso ginasial começou efetivamente em março de 1964.
          No dia cinco de agosto de 1963, Dr. Raul Bastos (Engenheiro de Obras), chamou Irmã Célia à Prefeitura de Florianópolis para estudar a demarcação do terreno onde o Educandário teria suas atividades. Nesse estudo de demarcação, houve um aspecto pitoresco: pela planta municipal da cidade, estava projetada uma rua onde hoje está o educandário. Irmã Maria Célia dirigiu-se ao prefeito da cidade de Florianópolis, naquele ano (1963) este cargo era ocupado pelo Sr. Acácio Santiago, o qual escutou com muita atenção as interrogações que Irmã Maria Célia lhe fez, e as dúvidas sobre o que seria mais necessário para a comunidade de Florianópolis na época, uma escola ou uma rua?
          Este era o último recurso para conseguir a liberação e aprovação do terreno e construir  a parte ginasial do Educandário. E o Sr. Prefeito Acácio Santiago raciocinou e concluiu que era mais conveniente uma escola. E deu-lhes a devida aprovação para a construção do novo prédio, que se localizava na Rua São Francisco, 148.
          Em 1965 iniciou-se a total utilização do prédio novo, que começou a ser construído neste mesmo ano. Este espaço continha: amplas salas de aula, salas ambiente, setores administrativos, quadra esportiva e biblioteca. Coordenaram a construção do prédio escolar, onde foram instalados o Curso Primário, o Curso Ginasial e atualmente o Ensino Médio: Irmã Maria Célia (Áurea Batisti Archer), Irmã Maria Teresinha (Cecília Paloschi), Irmã Stella Maris (Maria José do Amara Teixeira), Irmã Maria Luiza Bortolon, e Irmã Delfina (Francesca Conti).
          Com o crescimento do número de educandos, sentiu-se a necessidade de um local próprio para o jardim de infância e também de um salão de festas para eventuais reuniões e festividades escolares.
          Foram anos de trabalho sério, para merecer a confiança do povo de Florianópolis. E com o passar do tempo, o “Coleginho”, ampliava suas instalações, conforme as necessidades para atender seus interesses e os da comunidade.
          Em janeiro de 2005 efetiva-se a implantação do Ensino Médio no Educandário, o qual marca uma nova época nas atividades de ensino da escola.
          Dando continuidade a missão “Educação Serviço à Vida”, fundamentado no carisma de Santa Paulina, o EIC busca desenvolver valores humano-cristãos, pois acredita na pessoa como ser livre, construtor de uma nova sociedade e sujeito de sua história.