Em um breve enfoque, devemos iniciar a trajetória histórica desta instituição a partir do dia 15 de junho de 1942, onde Madre Paulina do Coração Agonizante de Jesus, seriamente enferma, abençoa as Irmãs: Querubina do Divino Amor, Vicência Loiola do Coração Agonizante de Jesus, Maria Zélia do Sagrado Coração de Jesus e Joana de Nossa Senhora das Dores, da (CIIC) Congregação das Irmãzinhas da Imaculada Conceição, que vieram para Florianópolis e tinham como missão iniciar uma nova comunidade religiosa. No dia 02 de julho, as Irmãs chegaram onde seria sua casa. No dia 09 de julho, morre Madre Paulina. Esta foi a última obra abençoada, por ela, em vida.

Observando a capacidade destas Irmãs em trabalhar com as crianças na catequese e em outras funções comunitárias na catedral, e sentido a necessidade de outra escola católica aqui no centro de Florianópolis, as famílias que moravam próximas a Rua Esteves Júnior pediram às Irmãzinhas que iniciassem o trabalho educacional com as crianças que frequentavam a catequese. Assim, a Congregação das Irmãzinhas da Imaculada Conceição optou por construir uma escola que seria chamada de Educandário “Imaculada Conceição”.

A Fundação oficial do Educandário “Imaculada Conceição” foi em 15 de fevereiro de 1959, com apenas duas turmas de crianças de jardim de infância. Eram famílias que residiam próximas à casa das Irmãs. No início de suas atividades, teve Irmã Lucia Maria Fontes como fundadora  e ganhou um apelido carinhoso pela comunidade de “Coleginho”.

O jardim de infância iniciou com trinta e dois educandos de pré e trinta e oito de primeira série, na residência das próprias Irmãzinhas que adaptaram salas para possibilitar um melhor ambiente para as crianças.

Em 1960, começam os estudos para ampliação das áreas a serem construídas. Em março de 1961, Irmã Maria Célia Archer, Superiora da Comunidade Religiosa das Irmãzinhas, começa a angariar fundos para a futura construção do prédio do ginásio “Imaculada Conceição”.

No dia oito de junho de 1963, Irmã Dorotéia veio a Florianópolis para auxiliar na montagem do processo e regimento interno do curso ginasial. O curso ginasial começou efetivamente em março de 1964.

Em 1965, iniciou-se a total utilização do prédio novo, que começou a ser construído neste mesmo ano. Este espaço continha amplas salas de aula, salas ambiente, setores administrativos, quadra esportiva e biblioteca. Coordenaram a construção do prédio escolar, onde foram instalados o Curso Primário, o Curso Ginasial e atualmente o Ensino Médio: Irmã Maria Célia (Áurea Batisti Archer), Irmã Maria Teresinha (Cecília Paloschi), Irmã Stella Maris (Maria José do Amara Teixeira), Irmã Maria Luiza Bortolon, e Irmã Delfina (Francesca Conti).

Com o crescimento do número de educandos, sentiu-se a necessidade de um local próprio para o jardim de infância e também de um salão de festas para eventuais reuniões e festividades escolares.

Foram anos de trabalho sério, para merecer a confiança do povo de Florianópolis. E com o passar do tempo, o “Coleginho”, ampliava suas instalações, conforme as necessidades para atender seus interesses e os da comunidade. Em janeiro de 2005 efetiva-se a implantação do Ensino Médio no Educandário, o qual marca uma nova época nas atividades de ensino da escola. Dando continuidade a missão “Educação Serviço à Vida”, fundamentado no carisma de Santa Paulina, o EIC busca desenvolver valores humano-cristãos, pois acredita na pessoa como ser livre, construtor de uma nova sociedade e sujeito de sua história.